1954-1955: Τα πρώτα χρόνια
Κατά το πρώτο έτος, Απόλλων υπέστη 8 ήττες σε 8 αγώνες στη δεύτερη κατηγορία. Λίγο πριν από την επόμενη σεζόν (1956-1957) μια κρίση ξέσπασε στην ΑΕΛ, το πρώτο τμήμα της ομάδας με έδρα τη Λεμεσό. Μετά από αυτό, Απόλλων κέρδισε την περιφερειακή ομάδα στη δεύτερη κατηγορία και στη συνέχεια τα play-offs και στη συνέχεια προήχθη στην πρώτη κατηγορία. Αυτό έγινε το 1957 και από τότε έχει Απόλλων ανταγωνίζονται στην πρώτη κατηγορία. Τα πράγματα δεν ήταν εύκολη, ωστόσο για την νεοφώτιστη ομάδα. Απόλλων δεν θα μπορούσε να επιτευχθεί μια ικανοποιητική θέση στην κατάταξη και αγωνιζόταν στη μέση του τραπεζιού για πολλά χρόνια. Αλλά τα πράγματα μέσα της δεκαετίας-60 άλλαξε.
1964-1967: Οι πρώτες διακρίσεις
Το 1965 Απόλλων έφτασε στο τελικό του Κυπέλλου. Ωστόσο, η Ομόνοια κέρδισε το πλακάκι με σκορ 5-1. Ένα χρόνο αργότερα, ο Απόλλωνας ήταν στην τελική πάλι, και κέρδισε το κύπελλο νικώντας Νέα Σαλαμίνα με σκορ 4-2 (Σκόρερ: Πανίκκος Yiolites, Άνδρου Κωνσταντίνου, Πανίκκος Κρυστάλλης, ο Αντώνης Παναγίδης), και πήρε θριαμβευτικά το τρόπαιο στη Λεμεσό. Απόλλων κατάφερε να διατηρήσει τον τίτλο του Κυπέλλου το 1967, νικώντας Αλκή 1-0 χάρη στο γκολ του Αντώνη Παναγίδης. Μετά τον εορτασμό αυτών των τίτλων, Απόλλων έπρεπε να περιμένουμε άλλα 15 χρόνια για να αρχίσουμε να κάνουμε ιστορία για άλλη μια φορά,
1990-1999: 10 χρόνια της δόξας
Σε αυτά τα χρόνια, προέκυψε σαφώς ότι απουσιάζει αυτό ήταν «κάτι» που θα μπορούσε να κάνει τη διαφορά για την ομάδα του να οδηγήσει στο πρωτάθλημα. Αυτό το "κάτι" ως εκ τούτου δεν ήταν άλλος από τον Γερμανό προπονητή το όνομα Diethelm Ferner ο οποίος, κατά την άφιξη σε Κύπρος ήταν αποφασισμένος να κερδίσει. Ο Γερμανός, με την πειθαρχία του και τη σκληρή δουλειά καταφέρνει "δεσμών" μεταξύ νέους ταλαντούχους ποδοσφαιριστές με μεγάλα πιο έμπειρους ποδοσφαιριστές δημιουργώντας μια ομάδα έτοιμη για το μεγάλο χρονικό διάστημα. Έτσι, κατά την περίοδο 1990-1991 η ομάδα μπήκε στο πρωτάθλημα "μαραθώνιο" που θέλει να γράψει το μεγαλύτερο και πιο ένδοξη σελίδα στο βιβλίο της ιστορίας του. Μετά από μια ξέφρενη και εντυπωσιακή σεζόν, η οποία προσφέρει θέαμα και ουσία στο παιχνίδι της, Απόλλων στέφθηκε τελικά πρωταθλητής του Κύπρος!
2000-2010: 1 Πρωτάθλημα, 2 Κύπελλα και 1 Σούπερ Καπ
Στην περίοδο 2000-2001 Απόλλων κέρδισε το Κύπελλο με τη Νέα Σαλαμίνα στο ΓΣΠ, με τελικό σκορ 1-0. Σκόρερ ήταν ο Βίκτορ Zubarev αξέχαστη.
Στη μέση της σεζόν ποδοσφαίρου (2004-2005) και μετά από αρκετά αποτυχημένες προσπάθειες για τη δόξα μετά τον τελικό του 2001, η γερμανική διευθυντής Bernd Stange ανέλαβε την ευθύνη, πραγματοποιώντας αργά αλλά τακτικά έφερε πίσω την χαμένη αίγλη της ομάδας. Στην εποχή, 2005-06 Απόλλων κέρδισε το πρωτάθλημα αήττητη και κέρδισε ένα αρχείο λεσχών από 64 πόντους. Απόλλων είχε 19 νίκες και 7 ισοπαλίες σε 26 αγώνες και αυτή έμεινε στην ιστορία ποδοσφαίρου της Κύπρου, λόγω του γεγονότος ότι ήταν η τέταρτη ομάδα στο Πρωτάθλημα Κύπρος, που κέρδισε τον τίτλο αήττητη (* Απόλλων ήταν η μόνη αήττητη ομάδα στην Ευρώπη, που τρέχει ένα αήττητο σερί από τις 12 Μαρτίου 2005 (30 παιχνίδια). Απόλλων το επόμενο έτος κέρδισε για πρώτη φορά στην ιστορία του, το Super Cup νικώντας 1-3 ΑΠΟΕΛ στο σπίτι.
Το 2010 Απόλλων κέρδισε το Κύπελλο μετά από 9 χρόνια (2001 Τελικός Κυπέλλου), νικώντας ΑΠΟΕΛ Λευκωσίας στο ΓΣΖ Στάδιο. Το τελικό σκορ ήταν 2-1